Se abrió inmediatamente después de la creación de la casa salesiana, para responder a una triple necesidad: producir los alimentos para el sostenimiento de los muchachos huérfanos alojados y para las familias de Belén, ser un lugar para que los jóvenes puedan aprender el oficio de panadero; y por último, ser instrumento de asistencia benéfica para los más necesitados.
Con el estallido de la segunda Intifada, la función de la Panadería dejó de ser un lugar de asistencia benéfica y adquirió una gran relevancia. Durante los 42 días del asedio de Belén en abril de 2002, la panadería Salesiana fue uno de los pocos centros que estaba en pleno funcionamiento y la única fuente de alimentación para muchas familias de la zona, que hacían llegar este alimento básico por las ventanas y por los techos, durante el toque de queda y sin salir de sus casas, con la ayuda de muchos amigos y benefactores de todo el mundo.
Desde entonces, los salesianos han seguido distribuyendo alrededor de 26.000 “pagnotes” (panes grandes) de forma gratuita, a casi 200 familias en dificultades, ya sea directamente o a través de la colaboración de otras instituciones religiosas. La panadería se ha ampliado varias veces para aumentar la producción y garantizar la calidad, para los clientes, los panaderos, que por otra parte se beneficiaban de diversos cursos de formación realizados por los panaderos de renombre internacional.
La panadería está mejorando y se han realizado algunas reestructuraciones, pero siempre hay obras de adaptación y remodelación a la espera de realizarse, para los cuales los fondos son insuficientes.
La panadería salesiana de Belén ha recibido apoyo de muchos benefactores en el pasado y en el presente, para que no se pierda el "pan de cada día" que se ofrece a tantas personas que necesitan de una ayuda.